產(chǎn)品介紹

細(xì)菌基因組測序，可分為細(xì)菌基因組de novo測序和細(xì)菌基因組重測序兩類。細(xì)菌基因組de novo測序，即從頭測序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個細(xì)菌物種進(jìn)行測序，利用生物信息學(xué)分析手段對序列進(jìn)行拼裝，從而獲得該細(xì)菌物種的基因組序列。細(xì)菌基因組重測序是對已有參考序列（Reference Sequence）的物種的不同個體進(jìn)行基因組測序，并以此為基礎(chǔ)進(jìn)行個體或群體水平的差異性分析?？申P(guān)注大量的單核苷酸多態(tài)性位點（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、結(jié)構(gòu)變異（Structure Variation，SV）等變異信息。細(xì)菌基因組測序可以預(yù)測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機制，已取代傳統(tǒng)方法成為研究細(xì)菌進(jìn)化遺傳機制、關(guān)鍵功能基因的重要工具。

根據(jù)不同的研究目的和需求，細(xì)菌基因組測序可具體分為以下產(chǎn)品： 
細(xì)菌重測序
構(gòu)建小片段文庫，深度測序，基于已知參考基因組關(guān)注基因組變異情況（包括SNP和InDel等），可進(jìn)行群體研究。 
細(xì)菌denovo測序
細(xì)菌框架圖：構(gòu)建小片段文庫，采用高深度測序（100X）和初級的基因組從頭組裝策略，可滿足細(xì)菌基因組研究的基礎(chǔ)需求。 
細(xì)菌精細(xì)圖：構(gòu)建大片段和小片段文庫，采用高深度測序（150X）和針對性的基因組從頭組裝策略，是目前細(xì)菌基因組研究的主導(dǎo)產(chǎn)品。 
細(xì)菌完成圖：根據(jù)待測菌株具體情況量身定制*策略，構(gòu)建不同大小片段及類型文庫，綜合利用多種高通量測序技術(shù)及組裝技術(shù)，終組裝得到一條完整的基因組序列（1 Contig，0 gap），是細(xì)菌基因組測序從頭組裝的高標(biāo)準(zhǔn)。 
流程圖

結(jié)果示例

案例分析
案例：耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）全基因組測序揭示其傳播機制及系統(tǒng)發(fā)育 
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）是一種常見的引發(fā)醫(yī)院內(nèi)感染的致病菌，本研究對泰國東北部一家醫(yī)院分離出的79株菌進(jìn)行了全基因組測序，繪制了該菌的系統(tǒng)發(fā)育樹，并發(fā)現(xiàn)了多個不同進(jìn)化支，據(jù)此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。
技術(shù)參數(shù)

樣品要求

服務(wù)流程

1、提交項目課題相關(guān)需求和資料。

2、與我們的專業(yè)技術(shù)團隊討論項目細(xì)節(jié)。

3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進(jìn)行修改。

4、雙方均滿意并達(dá)成一致，簽訂技術(shù)服務(wù)合同。

5、開展實驗，按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。

6、結(jié)題，提供實驗原始結(jié)果和分析結(jié)果、實驗流程、實驗條件等等。

我們的優(yōu)勢

1、適用于單細(xì)胞、微量細(xì)胞樣品。

2、數(shù)據(jù)質(zhì)量高、偏差小、高度均一。

3、高通量，單個樣本可達(dá)30-100X的測序深度和數(shù)據(jù)產(chǎn)出量。

4、*的覆蓋度，能檢測到90%以上的SNP位點信息。

5、檢測靈敏度和準(zhǔn)確度高。

6、能夠全面發(fā)掘新的和稀有的遺傳變異

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